Effectif en permanents impliqués: 4 enseignants chercheurs, 2 ingénieurs de recherche 1 technicien.

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Les activités propres de l’équipe soutiennent quels thèmes du GDR ? :

• Thème 1 - Approches omiques chez les espèces non modèles pour comprendre les mécanismes et effets des contaminants.

• Thème 2 - Intégration biologique, vulnérabilité des espèces pour mieux évaluer la qualité des milieux.

• Thème 4 - Mécanismes d’accumulation, devenir et transfert des contaminants le long des chaînes trophiques

 

Axes de recherche et objectifs :

La vocation du laboratoire écologie fonctionnelle et environnement (EcoLab) est l’étude combinée du fonctionnement des communautés et des écosystèmes et de leurs interrelations à différentes échelles spatio-temporelles. EcoLab s’attache notamment à étudier les réponses des organismes / communautés / écosystèmes et de leurs interrelations aux forçages externes et à valoriser ces travaux en développant des recherches finalisées pour répondre aux attentes de la société, notamment en matière de diagnostic et d’évaluation de l’état des milieux, de définition de nouvelles normes et de nouveaux indicateurs de l’état de santé des écosystèmes, de gestion de la biodiversité, de services rendus par les écosystèmes et plus généralement, d’ingénierie écologique.

Au sein d’EcoLab, l’équipe ECI a plus spécifiquement pour objectif de comprendre l’impact des contaminants chimiques d’origine anthropique sur les assemblages biologiques, dans un contexte de réalisme écologique, en considérant notamment les interactions des contaminants entre eux et avec d’autres facteurs de stress. Pour cela, l’équipe ECI s’appuie sur des outils, notamment de (géno)toxicité. Une approche intégrative passe par l’expérimentation en micro-/mésocosmes, dans le but d’appréhender en conditions contrôlées l’impact des contaminants sur des assemblages plurispécifiques, avec l’aide de la modélisation utilisée à des fins prédictives et cognitives. L’équipe ECI appuie sa démarche sur des chantiers d’étude in natura, concernés par des problématiques concrètes de contamination. L’originalité de la démarche de l’équipe ECI réside dans la mise en œuvre d’approches complémentaires à différents niveaux d’organisation biologiques pour progresser dans la compréhension des impacts environnementaux liés aux contaminations chimiques.

L’équipe ECI s’intéresse en particulier aux mécanismes conditionnant la sensibilité des organismes au stress chimique (effets combinés des contaminants en mélange ou en interaction avec d’autres stress environnementaux, mécanismes d’action des contaminants émergents tels que nanoparticules et micropolluants pharmaceutiques). Pour ce faire, l’équipe dispose de compétences et d’outils pour appréhender les mécanismes de toxicité liés notamment au stress oxydant, aux dommages causés au matériel génétique ou encore aux altérations du métabolisme énergétique. L’équipe utilise également des outils moléculaires tels que la protéomique et la métabolomique afin d’évaluer les effets sur les organismes de situations de stress complexes (variations de température, cocktails de contaminants...).

L’équipe s’intéresse également au rôle des effets directs et indirects des contaminants dans la structuration des communautés biologiques. Ces aspects sont étudiés expérimentalement au travers des communautés de microorganismes qui, outre leur importance dans de nombreux processus écosystémiques, permettent des études à des échelles spatiales et temporelles compatibles avec des approches en laboratoire croisant de nombreux facteurs et impliquant un fort niveau de réplication.

Enfin, l’équipe s’intéresse aux conséquences fonctionnelles de la contamination chimique à l’échelle des écosystèmes, in natura, permettant potentiellement d’appréhender l’impact d’une contamination de micropolluants sur les fonctions écosystémiques, mais aussi en développant des outils de bioindication et de compréhension des mécanismes qui soient utilisables au laboratoire ou en mésocosme, notamment dans le cas de la prévision de l’impact des nanoparticules.

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Principaux programmes de recherche en cours :

• Flagship GRAPHENE CORE 1 (H2020) :

• SMS : Séparation des Micropolluants à la Source (Projet ONEMA/Agence de l’Eau)

• ANR Sturtop : Vulnérabilité et adaptabilité de la dernière population d’esturgeon européen (Acipenser sturio) aux facteurs de stress environnementaux : température, oxygène et polluants.

• IMPGAR (Projet Agence de l’Eau)

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Partenariats :

• : Publics :

1 – UMR-CIRIMAT, UMR-Epoc, UMR-EDB

2 – ONEMA, Agences de l’eau

• : Réseaux :

GDR iCEINT

• : Privés

ARKEMA

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Equipement – spécificité de l’équipe :

• Animalerie : systèmes d’élevages et/ou de stabulation pour espèces aquatiques modèles (Xenopus laevis, Pleurodeles waltl, Chironomus riparius, Carassius auratus) et spécifiques (Gobio gobio).

• Expositions : dispositifs thermostatés (box) pour des expositions en conditions statique, semi-statique et continue, pour des volumes de quelques centaines de millilitres à plusieurs dizaines de litres, des températures de 19 à 25 °C, des durées pouvant aller jusqu’à deux mois. Certaines des expérimentations peuvent avoir lieu in situ (par encagement des organismes) et ex-situ (en station d’épuration, via la mise en place d’un laboratoire mobile).

• Matériel expérimental : dispositifs de laboratoire adaptés à chaque mode d’exposition/expérimentation, au laboratoire, et

• Analyses biométriques : loupes binoculaires et microscopes optiques équipés de caméra/appareil photo, logiciels de mesure.

• Experimentations : bioessais in vivo (test des micronoyaux, test des comètes, biologie moléculaire (ADN/ARN), analyses biochimiques (par spectrophotométrie)