Effectif en permanents impliqués: 2 Enseignants-chercheurs, 1 chercheur, 2 ingénieurs de recherche, 2 ingénieurs d’études, 2 assistants ingénieurs.

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Les activités propres de l’équipe soutiennent quels thèmes du GDR ? :

• Thème 1 –Approches omiques chez les espèces non modèles pour comprendre les mécanismes et effets des contaminants

• Thème 4 - Mécanismes d’accumulation, devenir et transfert des contaminants le long des chaînes trophiques

 

Axes de recherche et objectifs :

• Développement des outils analytiques en Protéomique, Lipidomique et Métabolomique (amélioration des capacités de multiplexage, des sensibilités, de la spécificité (MRM3), identification de biomarqueurs)

• Développement de méthodologies analytiques pour évaluer les voies d’exposition des organismes et le devenir des polluants (bioaccumulation, transformation, métabolisation)

Les problématiques sociétales de l’environnement, de la biologie ou de la santé nécessitent de disposer de méthodes d’analyses qui se doivent d’être de plus en plus spécifiques ou au contraire exhaustives, tout en étant de plus en plus sensibles. Pour répondre à ces enjeux, la spectrométrie de masse est l’une des techniques de choix. Pour cela, deux approches dites « ciblées » ou « non ciblées » sont développées. L’approche ciblée s’intéresse à des familles prédéfinies de molécules où ne sont visées de manière spécifique que quelques molécules connues alors que l’approche non ciblée s’intéresse, quant à elle, à l’ensemble des molécules présentes dans un échantillon, sans a priori. L’ISA développe des méthodologies analytiques innovantes pour les deux approches précitées pour :

-  L’analyse de contaminants prioritaires issus de listes de surveillance ou émergents, à l’état d’ultra-traces dans des matrices environnementales complexes

-  L’étude du devenir de ces polluants et de leurs produits de dégradation (métabolites) dans les différents compartiments environnementaux : transfert et bioaccumulation,

-L’étude des interactions environnement/santé (exposome, métabolomique environnementale)

-  La qualification et/ou quantification de biomarqueurs protéiques, lipidiques en santé humaine ou en écotoxicologie…

Les développements sont aussi bien fondamentaux qu’appliqués. Par exemple, le couplage mobilité ionique (IMS)-spectrométrie de masse permet d’étudier la conformation des protéines, le développement du couplage laser spectrométrie de masse (photoSRM) ou du mode MRM3 d’améliorer la spécificité de détection. Pour les développements plus appliqués, toutes les étapes du protocole: échantillonnage, préparation de l'échantillon, séparation chromatographique, détection par spectrométrie de masse basse et haute résolution et l'analyse des données (dSPE, SPE-LC-MS/MS en ligne, micro-QuEChERS, nanoLC-MS/MS, LC ou GC-HRMS ...) sont optimisés pour s’adapter à la complexité et la variabilité des échantillons environnementaux (phases dissoutes, phases particulaires, biote), les teneurs à l’état d’ultra-traces, la faible taille des organismes analysés (macroinvertébrés analysés à l’échelle d’un individu). Récemment a été utilisée l'imagerie part spectrométrie de masse (ToF-SIMS, MALDI-IMS-Q-TOF) pour la caractérisation de la distribution spatiale (localisation ) de petites molécules à la surface de coupes cryo-congelées de tissus chez le gammare.

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Principaux programmes de recherche en cours :

• ANR PRCE Approve (2019-2023): Integrated Approach to Propose PRoteomics for environmental biOmonitoring: accumulation, fate and multi-markers. (INRAE, LBBE, CEA, ISA, LIENSs, Biomae).

• ANR JCJC PLAN-TOX (2019-2022): Proteomics and Lipidomics Approaches for understanding molecular mechanisms of environmental chemical toxicity in conjunction with lipid metabolism in Gammarus fossarum during reproduction cycle. (ISA, INRAE).

• ANSES ACTIONS (2018-2022): Etude de l’impact d’Agents de ConTraste Iodés sur deux OrgaNismes aquatiqueS modèles par des approches métabolomiques et métallomiques (ISA, IPREM, UMR-SEBIO)

• Projet RISMEAU (2019-2022) : Risques liés aux résidus de médicaments, biocides, et antibiorésistance d'origine humaine et vétérinaire sur les ressources en eau du bassin versant de l'Arve (Agence de l’Eau RMC, OFB)

• ANR CABARET (2017-2021) : CABARET-ContAmination des matrices Biotiques et Abiotiques par les Résidus phytopharmaceutiques en ETangs (Université de Lorraine, AFB, ANSES, ONCFS)

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Partenariats :

• Publics :

INRAE-Villeurbanne, CEA-centre de Marcoule, UMR-Sebio, INSA-Lyon, LEHNA-ENTPE, GRESE (Univ. Limoges), ANSES, INERIS

• Réseaux :

GIS Médicaments, NORMAN

• Privés :

Sanofi-Pasteur, Anaquant, Biomae, Suez-Environnement, RRCo,

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Equipement – spécificité de l’équipe :

• Préparation d’échantillons : Automates Biomek NX, Biomek 4000, AutoTrace et RapidTrace

• Plateforme analytique : spectromètres de masse haute résolution : (2 Q-TOF, Q-Exactive, GC-Exactive, GC-TOF) ; spectromètres QTRAP (3 QTRAP 5500, 1 QTRAP 6500, 1 API4000, 2 API3200, 1 Xévo-TQS) ; 1 GC-MS.